Che: Part Two, Che'nin Küba devrimi sonrasında gücünün ve ününün doruğunda olduğu dönemde başlıyor. Tam bu sıralarda, Che Bolivya'da kimliği saklı bir biçimde tekrar ortaya çıkmak üzere kaybolur. Orada, büyük Latin Devrimi'ni başlatmak için Kübalı yoldaşlarından ve Bolivyalı askerlerden oluşan küçük bir grup organize eder. Bolivya mücadelesinin hikayesi, nihayetinde başarısızlık ve Che'nin ölümüyle sonuçlanan bir azim, fedakarlık, idealizm ve gerilla savaşı öyküsüdür. Bu hikaye Che'nin nasıl hala tüm dünyadaki insanların kalbinde yaşattığı bir idealizm ve kahramanlık sembolü olduğunu anlatıyor.