The Plague Dogs, araştırma merkezinden kaçan iki köpeğin hikayesini konu ediyor. Araştırma merkezinden kaçmayı başaran köpekler, büyük bir özgürlüğe kavuşur. Çayırlarda gönüllerince dolaşan köpekler, artık her şeyin güzel olacağını düşler. Ancak avcıların peşlerine düşmesi ve dış dünyanın daha çok düşmanla dolu olduğunu görmeleri köpeklerin umutlarını yok eder. Bu sırada araştırma merkezinin direktörü, köpeklerin kaçmasını gizli tutmaya çalışır. Ancak bir süre sonra çok sayıda koyun öldüğünde, çevrede köpeklerin veba taşıyıcısı olduğu ve onların öldürülmesi gerektiği tartışılmaya başlar.