Bir kuklacı olan Craig, evli ve parasız bir adamdır. Kuklacılık kendisine fazla para kazandırmamaktadır. Bu nedenle bir firmada işe başlar. Şirkette Maxine adındaki bir kadına ilgisi kaymaya başlar fakat Maxine, Craig ile ilgilenmemektedir. Craig bir gün Amerika'nın en ünlü aktörlerinden biri olan John Malkovich'in beynine açılan gizli bir yol bulur. Bu durumu, Maxine'i etkilemek için kullanmaya başlar ancak zamanla işler karışacaktır.

Oldukça fantastik bir hikayesi olan Being John Malkovich'in toplam 48 ödülü bulunuyor.