Okozaki Tomoya; aylak, serseri ve ihmalkâr bir lise öğrencisidir. Lise arkadaşı Sunohora ile birlikte son sınıfa geçmişlerdir ve günlerini serserilik yaparak geçirmektedirler. Tomoya bir gün okula giderken, kendi kendine konuşan Nagisa Furakawa'yı görür ve dediklerine şahit olur. Nagisa Furakawa, hastalığı yüzünden 2 defa sınıf tekrarı yapmak zorunda kalmış bir lise son sınıf öğrencisidir. Bu süre zarfında yalnız olan Nagisa, Tomoya'nın ilgisini çeker ve okul bahçesinde tekrardan karşılaşırlar. Nagisa, Tomoya'ya durumunu anlatır ve Tomoya ona yardım etme ihtiyacı hisseder. Bu ikili, karşılaştıkları zorlukların ötesinde birbirleriyle dayanışmayı ve birbirlerine destek olmayı öğreneceklerdir.