Kubo, sahil kenarındaki bir köyde sakin bir yaşam sürmektedir. Ancak intikam ateşiyle kavrulan, geçmişten gelen bir ruh tarafından asırlık bir kan davası yeniden alevlenir.

Bu olay sonucunda tanrılar ve canavarların peşine düştüğü Kubo, hayatta kalabilmek ve intikamcı ruhu yenebilmek için, bir Samuray olan rahmetli babasının daha önce bir kez giydiği büyülü zırhı bulmak zorundadır.