Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice, penguenler ve şempanzeler, kendilerini devasa ada Madagaskar sahillerine çıkmış bulurlar. New Yorklu kahramanlarımız bu engeli aşmak için işleyeceğini düşündükleri bir plan geliştirmişlerdir. Yere çakılmış eski bir uçağı ele alan penguenler, bu uçağı adeta askeri bir doğrulukta tamir ederler. Uçağa bindiklerinde Afrika’nın uçsuz bucaksız düzlüklerini dolaşıp her yeri görecek kadar uzun süre havada kalmayı başaramazlar. New York’taki hayvanat bahçesinde doğup büyümüş kahramanlarımız, Afrika macerasında hayatlarında ilk kez kendi cinslerinden hayvanlarla karşılaşacaktır.