Shin Ultraman, dev canavarlarla mücadele eden ve bu süreçte beklenmedik bir müttefik bulan SSSP biriminin öyküsünü konu ediniyor. "S-sınıfı türler" olarak bilinen dev, şiddetli canavarların ortaya çıkar. Bu durum üzerine Japon hükümeti, onları nasıl yeneceklerini araştırmaları için SSSP'yi kurar. Canavarların saldırısı altından olan SSSP, bu zorlu savaşta gümüş dev ULTRAMAN’dan destek görür. ULTRAMAN’ın sırrı nedir ve neden insanlara yardım etmektedir?