Makineler son derece önemli bir bilgi edinmiş ve insanların özgürce yaşayabildikleri tek ve son şehir olan Zion'un yerini öğrenmişlerdir. Zion şehrini ortadan kaldırmak isteyen makineler, buraya ahtapot benzeri yaratıklardan binlercesini göndermeye karar verir. Neo ve arkadaşlarının ise bunu engellemek için makinelerin tüm sırlarını bilen Anahtarcı'yı bulmaları gerekmektedir. Ancak bu durum kolay değildir çünkü Anahtarcı, ustaca bıçak kullanan ve hayalet gibi yok olup tekrar ortaya çıkan "İkizler" adlı yaratıklar tarafından korunmaktadır. Ajan Smith ise kendisini klonlayıp, klonlarından bir ordu hazırlamaktadır...